Λίγες ημέρες μετά τον Γιάννη Αμανατίδη και ο Σωτήρης Κυργιάκος γνωστοποίησε ότι δεν πρόκειται να παίξει ξανά στην Εθνική ομάδα, χωρίς να εξηγήσει τους λόγους της απόφασής του.
Εκ πρώτης όψεως η απόφαση του 31χρονου Κυργιάκου φαντάζει ανεξήγητη. Ουδέποτε ο Τρικαλινός αμυντικός είχε προστριβές στην Εθνική ομάδα, ενώ ο νέος ομοσπονδιακός προπονητής Φερνάντο Σάντος τον υπολογίζει βασικό στα πλάνα του, όπως άλλωστε φάνηκε και στο πρόσφατο φιλικό με τη Σερβία στο οποίο αγωνίστηκε στα πρώτα 45λεπτά.
Με την Εθνική ομάδα ο Κυργιάκος αγωνίστηκε 61 φορές και σημείωσε 4 γκολ, τρία εκ των οποίων σε δύο ματς με τη Νορβηγία. Το ντεμπούτο του έγινε στις 13 Φεβρουαρίου του 2002 σε φιλικό παιχνίδι με τη Σουηδία (72 λεπτά ως βασικός).
Επαιξα σε δύο μεγάλες διοργανώσεις (Euro 2008, Μουντιάλ 2010) αλλά έχασε, λόγω τραυματισμού, το θριαμβευτικό Euro 2004 κατά το οποίο η Εθνική έφτασε στην κορυφή της Ευρώπης.
