Υπέρ του πάπα Βενέδικτου ΧVI για τη συμμετοχή του σε μία από τις περιπτώσεις σεξουαλικής κακοποίησης τάσσεται γερμανικό δημοσίευμα. Σύμφωνα με αυτό, ο υπουργός Εξωτερικών του Βατικανού ήταν αυτός που εμπόδισε τις προσπάθειες να τιμωρηθεί ο Αμερικανός ιερέας, ο οποίος ευθύνεται για τη σεξουαλική κακοποίηση 200 κωφάλαλων αγοριών σε ίδρυμα του Γουινσκίνσιν στις ΗΠΑ.
Στη διάρκεια έκτακτης συνόδου που συνεκλήθη στο Βατικανό το 1998 για την υπόθεση του παιδεραστή Αμερικανού ιερέα Λόρενς Μέρφι, ο οποίος κατηγορείται ότι κακοποίησε σεξουαλικά 200 κωφάλαλα αγόρια σε καθολικό ίδρυμα του Γουινσκόνσιν των ΗΠΑ, ο καρδινάλιος Μπερτόνε ήγειρε πολλά εμπόδια απέναντι στο ενδεχόμενο διεξαγωγής δίκης στους κόλπους της Εκκλησίας.
Συγκεκριμένα, σύμφωνα με το δημοσίευμα, ο καρδινάλιος Μπερτόνε είχε αναφερθεί «στη δυσκολία διεξαγωγής της δίκης σε απόλυτη μυστικότητα καθώς επίσης και στη δυσκολία να υπάρξουν μαρτυρίες και αποδείξεις χωρίς τον κίνδυνο διόγκωσης του σκανδάλου».
Σύμφωνα με το σχετικό ρεπορτάζ των Νew York Τimes, το 1996 υπήρξε αλληλογραφία ανάμεσα στον Μέρφι και τον σημερινό πάπα, τότε καρδινάλιο Γιόζεφ Ράτσινγκερ. Ο τελευταίος ενημερώθηκε για την υπόθεση από τον αρχιεπίσκοπο του Γουινσκόνσιν, ο οποίος τού έστειλε δυο γράμματα για το θέμα αυτό.
Μια κεκλεισμένων των θυρών εκκλησιαστική δίκη κατά του Μέρφι απεφεύχθη ύστερα από επιστολή του αμερικανού ιερέα προς τον Γιόζεφ Ράτσινγκερ, από τον οποίο ζητούσε να σταματήσει τη διαδικασία.
Το Βατικανό υπεραμύνθηκε της ενέργειας αυτής του πάπα Βενέδικτου XVI, τονίζοντας ότι ο ποντίφηκας ενημερώθηκε πολύ αργά όταν ο ιερέας Μέρφι ήταν ήδη αρκετά μεγάλος σε ηλικία και άρρωστος.
