Υψηλές συγκεντρώσεις επικίνδυνων τοξικών αποβλήτων εντοπίστηκαν στον Αλφειό, σύμφωνα με έρευνα επιστημόνων του πανεπιστημίου Πατρών.
Οι επιστήμονες αναφέρουν ότι η μεγάλη πηγή ρύπανσης του ποταμού είναι η καύση του λιγνίτη που γίνεται στη Μεγαλόπολη, αλλά και η τέφρα από την επεξεργασία.
Στην Ηλεία οι πηγές ρύπανσης του Αλφειού είναι τα ελαιουργεία και τα αστικά απόβλητα.
